Ozon dezenfeksiyonu, hücreyi eriterek (lysing) veya hücre zarını yırtarak meydana gelir. Yaygın bir dezenfektan olan klor ise hücre zarından girerek mikrop enzimlerini inaktive eder. Ozonun bakterisit etkisi; suyun kirliliği, suda çözünmüş madde miktarı, pH, suyun sıcaklığı ve temas süresi gibi bazı etkileşimlere bağlıdır.
Ozonla suyun yaklaşık 4–10 dakikalık teması, dezenfeksiyonu sağlar. Yaklaşık 0.1– 0.5 mg/L ozon, hemen hemen tüm bakterileri öldürür.
